Kõige vanemad andmed saare kohta pärinevad 1297. aastast.
13. sajandil kutsuti saart Hundisaareks ja isegi veel 1920. kutsuti saart paralleelselt Aegnaga Wulfiks. Püsiasustuse kohta pärinevad esimesed andmed 1577. aastast. 1681. aasta talumeeste loendi järgi oli saarel 10 talu.
Aegna saar läks koos mitme teise saarega 1689. aastal Tallinna alluvusest riigi haldusse. Saare elu hakkas sellest ajast peale korraldama riigile kuuluv Viimsi mõis. 1726. aastal oli Aegnal 3 talu.
Enne I maailmasõda rajati Aegnale rannakaitsepatarei, mis oli osa Peeter Suure merekindlusest. See betoonrajatis oli 200 m pikk ning selle mõlemas osas paiknesid soomustornid kahe 12-tollise kahuriga. Aegna rannapatarei hävitati 1918. aastal sakslaste eest taganevate punaväelaste poolt. Vabadussõja ajal suudeti need riigikaitse seisukohast väga olulised rannakahurid taastada.
Aegna saarele asutati 1922. aastal komandatuur. 1930. aasta juunis oli selle komandatuuri koosseisus 331 sõjaväelast, sõjaaegne koosseis oli plaanitud ligi kolm korda suurem. 1930. aastatel oli saarel üle 150 erinevas suuruses rajatise. Saarel asusid elumajad, kasarmu, ohvitseride kasiino, staap, elektrijõujaam, leivatehas, raamatukogu, ambulatoorium, saun jm. Saarel tegutsesid erinevad seltsid, mitu orkestrit ning näite- ja spordiring.
Eestist taganev Nõukogude armee hävitas 1941. aastal jällegi kõik rannakaitsekahurid, laskemoonalaod ja osa elumaju. Aegnale asus hiljemalt 1947. aastal Balti mere laevastikule allutatud õhutõrjeväeosa, kus teenis umbes 100 mereväelast. Kõik Nõukogude mereväega seotud isikud lahkusid saarelt 1956. aastal ning nende asemele asusid piirivalvurid. Endisi sõjaväehooneid hakati andma kasutusse puhkemajadeks.
1957.aastal hakati korraldama eksursioone, vanad hooned tehti korda ja ehitati uusi.
1964. aastal oli kokku 23 ettevõttel saarel puhkemaju ja suvilaid. Kokku oli 700 voodikohta ja igapäevaselt viibis saarel umbes tuhatkond inimest.
Aegna saar allutati 1975. aastal Tallinna Mererajoonile. Tallinna ettevõtetevahelise puhkebaasi "Aegna" moodustamine tegi saarele pääsemise lihtsamaks.
Peale taasiseseisvumist olukord muutus ja puhkemajade ülevalpidamine ei olnud enam otstarbekaks ja pandi müüki.
13. sajandil kutsuti saart Hundisaareks ja isegi veel 1920. kutsuti saart paralleelselt Aegnaga Wulfiks. Püsiasustuse kohta pärinevad esimesed andmed 1577. aastast. 1681. aasta talumeeste loendi järgi oli saarel 10 talu.
Aegna saar läks koos mitme teise saarega 1689. aastal Tallinna alluvusest riigi haldusse. Saare elu hakkas sellest ajast peale korraldama riigile kuuluv Viimsi mõis. 1726. aastal oli Aegnal 3 talu.
Enne I maailmasõda rajati Aegnale rannakaitsepatarei, mis oli osa Peeter Suure merekindlusest. See betoonrajatis oli 200 m pikk ning selle mõlemas osas paiknesid soomustornid kahe 12-tollise kahuriga. Aegna rannapatarei hävitati 1918. aastal sakslaste eest taganevate punaväelaste poolt. Vabadussõja ajal suudeti need riigikaitse seisukohast väga olulised rannakahurid taastada.
Aegna saarele asutati 1922. aastal komandatuur. 1930. aasta juunis oli selle komandatuuri koosseisus 331 sõjaväelast, sõjaaegne koosseis oli plaanitud ligi kolm korda suurem. 1930. aastatel oli saarel üle 150 erinevas suuruses rajatise. Saarel asusid elumajad, kasarmu, ohvitseride kasiino, staap, elektrijõujaam, leivatehas, raamatukogu, ambulatoorium, saun jm. Saarel tegutsesid erinevad seltsid, mitu orkestrit ning näite- ja spordiring.
Eestist taganev Nõukogude armee hävitas 1941. aastal jällegi kõik rannakaitsekahurid, laskemoonalaod ja osa elumaju. Aegnale asus hiljemalt 1947. aastal Balti mere laevastikule allutatud õhutõrjeväeosa, kus teenis umbes 100 mereväelast. Kõik Nõukogude mereväega seotud isikud lahkusid saarelt 1956. aastal ning nende asemele asusid piirivalvurid. Endisi sõjaväehooneid hakati andma kasutusse puhkemajadeks.
1957.aastal hakati korraldama eksursioone, vanad hooned tehti korda ja ehitati uusi.
1964. aastal oli kokku 23 ettevõttel saarel puhkemaju ja suvilaid. Kokku oli 700 voodikohta ja igapäevaselt viibis saarel umbes tuhatkond inimest.
Aegna saar allutati 1975. aastal Tallinna Mererajoonile. Tallinna ettevõtetevahelise puhkebaasi "Aegna" moodustamine tegi saarele pääsemise lihtsamaks.
Peale taasiseseisvumist olukord muutus ja puhkemajade ülevalpidamine ei olnud enam otstarbekaks ja pandi müüki.
